Летопись монастыря XVIII — XIX вв.

Благодаря царским пожалованиям и льготам монастырь к концу XVII столетия стал одним из самых богатых в Москве. За ним по «ружной книге» 1681 года числилось «крестьян <…> 2257 дворов», а всего 14 тысяч крепостных. Приписанные к монастырю вотчины, рыбные ловли, многие угодья с лесами, лугами и селами приумножали его богатства. Только с перенесением столицы государства из Москвы в Петербург Новоспасский монастырь постепенно начинает приходить в упадок.

В 1737—1747 годах обитель изрядно пострадала из-за многочисленных пожаров. Сгорело немало монастырских зданий. Императрица Елизавета Петровна имела благоволение к Новоспасскому монастырю, который часто посещала. В 1764 году при Екатерине II последовала известная секуляризация церковного имущества, монастырь лишился всех своих поместий, а значит и доходов. Число насельников обители заметно сократилось. Во время эпидемии чумы в 1771 году Новоспасский монастырь явился карантином, куда стекались жители со всей Москвы.

Тяжелым испытанием для монастыря, как и для всей Москвы, стало нашествие Наполеона. Обитель подверглась разрушению от неприятеля, пострадала от вспыхнувшего пожара. Известно, что перед бегством французы вырыли ямы под собором, чтобы взорвать его. Но не успели. К 1820 году все здания, пострадавшие во время Отечественный войны 1812 года, были в конце концов отремонтированы. Вдоль западной части крепостной стены поднялся новый двухэтажный корпус, где разместились кельи, кухня и прочие хозяйственные помещения. Из разбившегося при пожаре большого колокола Петра I отлили новый. В 30—40-х годах XIX века обновили храмы монастыря.

С начала 50-х и до конца 70-х годов XIX века настоятелем монастыря был архимандрит Агапит (Введенский) — известный в то время аскет, друг святителя Филарета, митрополита Московского. Отец Агапит обращал исключительное внимание на уровень духовной жизни насельников обители. При этом настоятеле Новоспасский монастырь стал образцом для других штатных монастырей.